Ciao Matteo,
se stai parlando dei template per le stampe, avresti dovuto inserire la tua personalizzazione all'interno della relativa cartella custom/ del gestionale.
Per esempio, per modificare template/fatture/ avresti dovuto copiare i file in template/fatture/custom/ e modificarli all'interno di questa cartella.
Per ripristinare i file modificati, basta che tu li prenda da un backup e li copi come descritto sopra nella cartella custom/.
Se si verificassero dei problemi nella generazione delle stampe, devi poi andare a controllare manualmente dove si trova l'errore.