L'errore si verifica dopo aver completato l'esecuzione del file 2_4_11.sql da parte del gestionale? Potrebbe essere possibile se hai usato in modo considerevole le email del gestionale, ma dovrebbe essere molto difficile che sia questa la causa.
Eventualmente, prova a cancellare tutti i file .log nella cartella logs/ e a far ripartire l'aggiornamento, e poi condividi i nuovi contenuti della cartella...
In alternativa prova ad aumentare il limite di esecuzione PHP prima di far riprendere l'aggiornamento.