Perfetto, in questo caso credo che il problema sia semplicemente grafico.
Mi spiego meglio: alla fine dell'aggiornamento, viene effettuata una query per aggiornare le versioni di contabilità dei moduli standard del gestionale. In alcuni casi, soprattutto quando si aggiornano diverse versioni in contemporanea, la query non aggiorna correttamente le versioni.
Puoi comunque stare tranquillo che non dovrebbe esserci nessun problema, visto che i file sono correttamente aggiornati.
Invece, per quanto riguarda il database, il problema è dovuto alla versione di MySQL. Semplicemente, la funzionalità di confronto della struttura cambia tra le versioni maggiori di MySQL e quindi alcuni campi sono riportati in modo diverso tra la versione tua (5.6) e la versione utilizzato per il rilascio della software (5.7 probabilmente). Anche in questo caso, non devi preoccuparti: sembra sia tutto corretto a livello di database.