Più che un nuovo tipo di documento, a mio modesto parere è più opportuno che sia lo stesso documento per non inficiare eventuali report sul fatturato o altro.
Un compromesso potrebbe essere l'uso del numero secondario ed eventualmente aggiungere un tipo di fattura aggiuntiva "FatturaPA". Una volta scelto quel tipo di fattura il numero di fattura viene preso da un altro numeratore.
Oppure con un check... non so come sarebbe più veloce per voi.
Altrimenti gestire il tutto direttamente con l'import del file xml della fattura, una volta che uno importa, leggendo l'xml si può prendere ed impostare tutto a monte e poi consentire eventuali modifiche dopo.
