Hal9K, i problemi che stai riscontrando non sono relativi al database, ma ai file modificati e personalizzati.
In pratica, il database da solo è aggiornato correttamente alla versione 2.3 e lo stesso vale per i file ufficiali, ma non con tutte le personalizzazioni e/o moduli aggiuntivi che possiedi. Per intenderci, solitamente le personalizzazioni le trovi nelle cartelle custom/.
Di conseguenza questa procedura di controllo manuale è inevitabile, se si vogliono mantenere tutte le modifiche fatte manualmente.
Se volessi riprendere con un gestionale nuovo, basta tu mantenga il database (o lo copi, per sicurezza, in un altro database) ed estrai i contenuti della release in una nuova cartella dove prima non era presente un'altra installazione.