Non mandare in tilt l'aggiornamento, ma potrebbe provocare problemi non appena viene concluso...
Ti consiglio di evitare di fare qualunque cosa in produzione, e di mantenere l'ambiente di test separato.
In alternativa, quando sai che il gestionale online non viene utilizzato, puoi fare un backup e provare a far partire l'aggiornamento, ma devi essere in grado poi di ripristinare il backup nel caso si verifichino dei problemi.